非淋菌性尿道炎的潜伏期为1~3周,起病缓慢,症状较轻,典型的临床症状是尿道刺痒伴有轻重不一的尿急、尿痛与排尿困难,在早晨首次掩水前,可于尿道外口处流出少量粘液性分泌物。

在男性,衣原体首先感染前尿道,然后向后尿道蔓延,最后可感染全部尿道,甚至累及输精管和副睾。

在女性,子宫颈也是主要的感染部位,临床表现为急性或慢性炎症,有糜烂、白带增多、排尿困难和尿频。